OpenMP与MPI联合编程

研究一下如何一起使用mpi和openmp

先上程序：

#include#include#ifdef _OPENMP
#include#endif

#ifdef MPICH_CC
  #include#endif

#define SIZE 512
#define SIZEM SIZE
#define SIZEN SIZE
#define SIZEK SIZE

#define DISPLAYT 1

double mytic() 
{
	double result = 0.0;
	struct timeval tv; 
	gettimeofday( &tv, NULL );
	result = tv.tv_sec*1e6 + tv.tv_usec;
	return result;
}

int main(int argc, char** argv)
{
#ifdef MPICH_CC
	int mpirank;
	int mpisize;
	MPI_Status mpistatus;
#endif

	float *ma;
	float *mb;
	float *mc;
	int m, n, k;
	int r, s, t;
	float tsum;
	double tstart, tend;

#ifdef MPICH_CC
	MPI_Init(&argc, &argv);
	MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &mpirank);
#endif

#ifdef _OPENMP
	omp_set_num_threads(2);
#endif

	/*Matrx A, B, C allocation.*/
	m = SIZEM; n = SIZEN; k = SIZEK;

	ma = (float*)malloc(m*n*sizeof(float));
	if (!ma){return -1;}
	mb = (float*)malloc(n*k*sizeof(float));
	if (!mb){free(ma);return -1;}
	mc = (float*)malloc(m*k*sizeof(float));
	if (!mc){free(ma);free(mb);return -1;}

	/*Matrx A, B, C initialization.*/
	srand((unsigned int)time(0));
	tstart = mytic();
	for (r = 0; r < m; r++)
	{
		for (s = 0; s < n; s++)
		{
			ma[r*n+s] = (1.0*rand())/RAND_MAX;
		}
	}
#if DISPLAYT 
	printf("[T] ma initialization time : %.3fmsn", 1e-3*(mytic()-tstart));
#endif
	tstart = mytic();
	for (r = 0; r < n; r++)
	{
		for (s = 0; s < k; s++)
		{
			mb[r*k+s] = (1.0*rand())/RAND_MAX;
		}
	}
#if DISPLAYT 
	printf("[T] mb initialization time : %.3fmsn", 1e-3*(mytic()-tstart));
#endif
	/*Compute matrix C*/
	tstart = mytic();
#pragma omp parallel for private(r,t,s,tsum) shared(m,n,k,ma,mb,mc)
	for (r = 0; r < m; r++)
	{
		for (t = 0; t < k; t++)
		{
			tsum = 0.0f;
			for (s = 0; s < n; s++)
			{
				tsum += ma[r*n+s]*mb[s*k+t];
			}
			mc[r*m+t] = tsum;
		}
	}
#if DISPLAYT 
	printf("[T] mc computation time : %.3fmsn", 1e-3*(mytic()-tstart));
#endif

#ifdef MPICH_CC
	printf("[R] rank = %d with ", mpirank);
#pragma omp parallel 
	{
		if (0==omp_get_thread_num())
		{
			printf("omp_size = %dn", omp_get_num_threads());
		}
	}
#endif
#ifdef MPICH_CC
#endif

#ifdef MPICH_CC
	printf("MPI -- parallel n");
	MPI_Finalize();
#else
	printf("       serial   n");
#endif
	free(ma);free(mb);free(mc);
	return 0;
}

使用如下命令编译这个代码

gcc -DMPICH_CC -O0 -fopenmp test.c `pkg-config --cflags --libs mpich` -o mpiomp.exe

执行代码（我用的是mpich）

mpiexec -n 2  ./mpiomp.exe

上面启动了两个进程来执行代码。

程序中，每个进程做的是一样的事情，都是计算两个矩阵的乘积，计算矩阵乘积的时候，我用openmp将矩阵乘积的计算分配给几个不同的线程来计算，以增加并行度。

如果你想在执行的时候设置openmp的线程数，可以把代码中第50行注释掉，然后用下面的命令执行。我是在ubuntu12.04上测试的，用的gcc-4.6.3，如果先不注释执行的话，再注释后按下面的命令执行的话，可能会得到跟之前一样的结果。这个原因我不是很清楚。有知道的，烦请告知一下呀。

 mpiexec -n 2 -env OMP_NUM_THREADS 4 ./mpiomp.exe

注意几点：

因为有很多新手，可能以上来执行不出来。所以给出一下几个可能出问提的点。

* 是否安装MPICH？ 没有安装的话，麻烦先安装。源码安装的看这里 点击打开链接

* pkg-config出问题。 检查下 mpich.pc是否在pkg-config的搜索路径，或者man pkg-config研究下pkg-config